സംസ്ഥാനത്ത് ക്രിസ്ത്യൻ പള്ളികളുടെ എണ്ണം കൂടുന്നുവെന്നും അന്വേഷിക്കണമെന്നുമാവശ്യപ്പെട്ടുള്ള പരാതിയിൽ അന്വേഷണം നടത്താൻ നിർദേശം നൽകിയത് വിവാദമാകുന്നു. ബാംഗ്‌ളൂർ സ്വദേശിനിയായ നീനാ മേനോൻ ആണ് ഇത്തരത്തിൽ ഒരു പരാതി സംസ്ഥാന ചീഫ് സെക്രട്ടറിക്ക്് സമർപ്പിച്ചത്. ഇത്തരത്തിൽ ക്രിസ്ത്യൻ പളളികളുട എണ്ണം കൂടുന്നത് സംസ്ഥാനത്തിന്റെ സ്വാഭാവികാന്തരീക്ഷത്തിന് മാറ്റം വരുത്തുമെന്നാണ് പരാതിയിൽ പറയുന്നത്. അത് കൊണ്ട് തന്നെ ഇതിനെതിരെ കർശന നടപടികൾ സ്വീകരിക്കണമെന്നും പരാതിയിൽ പറയുന്നു. ഈ പരാതി ചീഫ് സെക്രട്ടറി തദ്ദേശ സ്വയംഭരണ സ്ഥാപനങ്ങളുടെ ചുമതലയുള്ള അഡി. ചീഫ് സെക്രട്ടറിക്ക് അയക്കുകയായിരുന്നു. അഡീ ചീഫ് സെക്രട്ടറിയുടെ ഓഫീസ് ഈ പരാതി തദ്ദേശ സ്വയംഭരണ ഡയറക്ടർക്കും കൈമാറി. തദ്ദേശ സ്വയംഭരണഡയറക്ടർ പരാതി ജോ. ഡയറക്ടർക്ക് നൽകുകയും അവർ ഈ പരാതി അന്വേഷിക്കണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് എല്ലാ ജില്ലകളിലേക്കും അയക്കുകയും ചെയ്തു. ഇതോടെയാണ് സംഭവം വിവാദമായത്.